A história foca-se primariamente na heroína Rin Tohsaka. Após a morte de seu pai, Rin entra na Guerra do Santo Graal somente para honrar a herança da prestigiada Casa Tohsaka. Ao lado de seu servo o Arqueiro. Sem delongas, Rin parte para pôr fim às conspirações que cercam a Guerra do Santo Graal ao lado de Shirou e seu servo, a Sabre. Deste modo a história começa a explorar a verdade por trás dos poderes de Shirou e da natureza de sua vontade inexorável de se tornar um “herói”.