No futuro não muito distante, um aumento súbito e inexplicável do nível do mar submergiu grande parte da civilização humana.
Ikaruga Natsuki, um jovem que havia perdido a mãe e uma das pernas em um acidente alguns anos atrás, volta desiludido de uma vida dura na cidade grande e encontra sua antiga casa no campo quase totalmente engolida pelo mar. Sem família, ele só possui o navio e o submarino deixados por sua avó oceanóloga, além das dívidas que ela deixou para trás. Sua única esperança de reconstruir os sonhos que perdeu é aproveitar uma oportunidade apresentada pela suspeita cobradora de dívidas, Catherine. Juntos, eles partem para explorar as ruínas submersas do laboratório da avó de Natsuki, em busca de um tesouro prometido. No entanto, o que encontram não são riquezas ou joias, mas uma garota estranha chamada Atri em um caixão no fundo do mar. Atri é um robô, mas sua aparência e a riqueza de suas emoções enganariam qualquer um.