Escondida nas montanhas perto da escola de elite Kunugigaoka Middle School, há um prédio abandonado que abriga os alunos da Classe 3-E. Essa classe, formada por delinquentes e desistentes, é desprezada pelos colegas e parece não ter futuro acadêmico. Tudo muda quando o governo lhes dá uma missão: eliminar seu novo professor, uma criatura parecida com um polvo chamada Koro-sensei. Ele já destruiu a Lua e ameaça destruir a Terra em um ano. Apesar de ser incrivelmente rápido e quase invulnerável, Koro-sensei se revela o melhor professor que a Classe 3-E já teve. Ele os treina para melhorar nos estudos e nas habilidades como assassinos, incentivando-os a voltar ao campus principal. Agora, Nagisa Shiota e os outros alunos precisam descobrir suas fraquezas antes que seja tarde demais. A missão, porém, testa não só suas habilidades, mas também sua lealdade e crescimento pessoal.